После знакомства с так называемым Отцом, который является руководителем Института и сыном главного героя Fallout 4 Шоном, вы примыкаете к Институту и получаете новый квест, а вместе с ним в помощники синта-охотника X6-88. Таким образом миссия "Учреждение закрытого типа" сменяется заданием "Задержание".

Вам предстоит вернуть в стены института потерявшего память синта B5-92 по имени Гэбриэл, ставшего главарем рейдеров в Либерталии, это кладбище кораблей на территории Содружества. На самом деле, синт не потерял память, ему ее стерли и изменили личность.

Сверяемся с компасом и отправляемся в нужное место, получаем некоторые советы от Х6-88 и приступаем к зачистке территории. Мнящий себя человеком синт забаррикадировался на перевернутом вверх дном сухогрузе. Чтобы добраться до него, необходимо передвигаться по лодкам и соединяющим их самодельным мостикам, вместе со своим напарником Х6-88 отстреливаясь от атакующих вас рейдеров.

На самом сухогрузе можно обнаружить много полезного: оружие, патроны, стимуляторы и т.д. Непосредственно перед встречей с Гэбриэлом наш помощник синт сообщит кодовую фразу, произнеся которую мы сможем отключить беглеца: "В5-92, сброс до заводских настроек, гамма-7-1-эпсилон". Это одно из развитий событий. А можно убить главаря рейдеров. И в том, и в другом случае придется разделаться с его подельниками, пострелять придется немало. Потом можно будет исследовать капитанскую рубку Гэбрэля.

После успешного выполнения задания "Задержание" возвращайтесь в Институт. Отец поблагодарит вас и скажет, что теперь у вас есть личная комната в стенах его учреждения. Более того, начиная с этого момента, синт-охотник Х6-88 может быть вашим спутником.

Дальше вам предстоит выполнять финальные задания Fallout 4, принимая сторону той или иной фракции. Представители отвергнутых группировок в какие-то моменты могут открыто противостоять вам. По этой причине в итоге вам нужно определиться, к кому вы хотите примкнуть и пройти все задания этой организации до самого финала.